Enemigos

• Merukimon (Merkurimon): Uno de los 12 del Olimpo. Es como un mentor para Keenan. Le enseña que debe odiar a los seres humanos y prefiere no pelear. Posee un portal entre el mundo real y el digimundo. Él y Spencer Damon tuvieron la idea principal de humanos y digimons viviendo en paz. Es asesinado por Kurata y Gizmon.

• Gotsumon: Uno de los seguidores de Merukimon. Gotsumon está celoso de Keenan por la atención que Merukimon pone en él. Keenan se da cuenta de esto en el capítulo 18. Al final se revela que odia a los humanos por culpa de los Híbridos. Después renace y apoya escondiéndose a los protagonistas en la batalla final.

• Dr. Akihiro Kurata: Es un hombre cruel. Es el responsable de la mayor parte de hechos, ya que pretende exterminar a los Digimon y por eso ellos odian a los humanos. Su propósito es eliminarlos ya que tuvo una mala experiencia con ellos diez años atrás. Además en la serie se le puede notar cierta reacción alérgica hacia los digimons, el es el líder de los Híbridos.

• Gizmon: Un digimon artificial creado por el Dr. Kurata para la exterminación del Mundo Digital. Existen dos tipos; Gizmon AT (Nivel Adulto) y Gizmon XT (Nivel Perfecto). Es capaz de eliminar todo rastro de los Digimon que va eliminado, evitando así que los Digimon vuelvan en modo Digitama o huevo y puedan renacer, después Akihiro Kurata lo utiliza para que absorba la información de los digimons derrotados para poder reunir suficiente energia como para revivir a uno de los antiguos 7 Grandes Demonios que casi destruyen el digimundo llamado Belphegormon.

• Belphemon: Digimon demonio y malvado que el Dr. Kurata hace renacer para que le obedezca que al principio tenia una apariencia tierna y linda, pero después Kurata acaba fusionándose con él y haciéndole despertar su terrorífico poder. Es asesinado por ShineGreymon Burst Mode.

• Caballeros Reales: Son la Élite del Digimundo liderada por Yggdrassilmon; se enfrentan a los de DATS cuándo intentan entrar a la guarida de Yggdrasilmon. En la batalla final, son guiados por Omegamon enfrentándose a Yggdrasilmon porque dudan de su razonamiento. Al final luego de la derrota de Yggdrassilmon regresan al digimundo.

• Yggdrasil: Dios gobernante del Digimundo, tiene como objetivo destruir el mundo humano para deshacer el desastre que causó Akihiro Kurata, que fue mezclar ambos mundos. Como a menos que uno de los dos mundos sea destruido, se fusionarán y ambos serán destruidos, Yggdrasil quiere eliminar el mundo humano sin importarle la cantidad de vidas que aniquilará. Lidera a los Caballeros Reales. Yggdrasil está metido en el cuerpo de Spencer Damon, lo que afecta mucho a Marcus.